In der herkömmlichen Landwirtschaft gibt es bereits Wirtschaftlichkeitsbetrachtungen, welche den Landwirt dabei unterstützen und anzeigen unter welchen Bedingungen sein Betrieb wirtschaftlich ist oder wird. Hinzu kommen standardisierte Prozesse und die Unterstützung serienreifer Maschinen. In der Aquaponik gibt es das alles nicht. Es gibt keine wirtschaftlichen Richtlinien und keine Prozesse, welche sich bereits etabliert haben. Hier müssen Rechnungen der Wirtschaftlichkeit, Dimensionierung und des Flächenbedarfes vorgenommen und Schritt für Schritt verbessert und standardisiert werden. Hinzu kommt der Aufbau und die Beziehung der einzelnen Bereiche in der Anlage wie: Die Schlachtung, Lagerung, Anzucht, Aufzucht, Kompostierung, Filteranlagen und Generatoren zur Nährstoffgewinnung, Labor, Großküche zur Lebensmittelveredelung und ggf. die Integration eines Hofladens oder Restaurants. Fehlende Gesetze und Richtlinien erschweren die Zusammensetzung der Anlage enorm. Hier muss Pionierarbeit geleistet werden.